인증절차는 준비, 평가, 정리 등 3단계로 크게 구분되며,
1) 연간업무기획 및 사전준비,
2) 교육단 자체평가,
3) 평가단 방문평가,
4) 평가결과정리 및 인증판정,
5) 재심처리 및 인증확정,
6) 결과관리 등 6단계로 세분된다.

공학교육인증을 받기 위하여 소정의 절차를 받아야 하며 그 구체적인 내용은 다음과 같다.

① 공인원은 교육기관의 인증신청을 받으면 이에 맞춰 평가단을 구성한다. 평가단은 단장1인과 평가위원들로
    구성되며, 평가위원은 프로그램당 1인씩 해당 간사학회의 추천을 받아 위촉한다. 이때 평가위원을 복수로
    추천받아 교육기관과 협의하여 1인씩 위촉하는 것도 가능하다. 평가단은 인증여부의 최종판정이 내려짐과
    동시에 해체된다.
② 공인원의 인증평가는 교육기관이 자체 평가를 뒷받침하여 제출한 자체평가서를 검토하는 과정과 현장을
    방문하여 평가하는 과정으로 구성된다.
③ 방문평가에서는 자체평가서에서 적절하게 설명하기 어려운 요소들 (즉, 교육 환경, 교수진과 학생들의 사기,
    교수와 학생들의 안정성과 계속성, 직원 및 학생단체의 수준, 교육성과 등)과 질적 요소들을 평가의 주요 대상으로
    삼는다. 또 피교육 기관의 약점 파악보다 장점 평가에 주안점을 두고, 교육 현장이 제출 자료에 기술된 내용과
    합치되는지 상세히 조사한다.
④ 방문평가 시 특히 주안점을 둘 사항들은 다음과 같다. 학교 본부 및 공과대학 차원의 지원, 조정 능력, 조직,
    제공되는 교육 프로그램들과 수여되는 학위 종류, 대학과 각 교육 프로그램들의 연혁, 신입생 모집 기준, 공과대학
    및 학과별 재적 학생 수, 개별프로그램 등록 학생 수, 교수진, 강의 책임량, 교수 능력 발전을 위한 지원,
    관련 시설, 교육 설비, 재정관계 (투자, 지출, 수입), 행정 관계, 교과과정의 내용, 설계 및 실험실습교과목 내용,
    교육의 폭을 보여주는 학생의 학업 사례들.
⑤ 평가자들은 방문평가 후 개별적으로 평가서를 쓰고, 평가단장은 이를 취합하고 분야별로 종합 조정한 후,
    논평서를 작성하여 인증사업단장에게 제출한다. 단, 논평서 작성 시 논평서 초안을 교육기관 내 담당자 (교육단장)
    에게 열람시킨 후, 검토의견을 참고하여 논평서를 완성하는 것이 바람직하다.
⑥ 인증사업단장은 평가보고서와 논평서를 토대로, 평가단 간의 차이와 과거 인증평가사례들과의 차이를 비교
    검토하여, 인증판정을 내린다. 공인원은 이 인증결과를 교육기관에 통지하고, 교육기관의 의견서를 받아
    검토반영한 후 공인원이사회에 상정하여 인증판정을 최종 확정한다.

아래는 2008년도 인증절차의 로드맵이다.